祺贵人怀疑甄嬛和温实初有私情，主要是因为她观察到了甄嬛与温实初之间的亲近互动，以及甄嬛怀孕的时间和温实初的离京时间之间的巧合。

祺贵人认为，甄嬛和温实初可能在她父亲被陷害一事上有所勾结，从而玷污了皇室的血统。这些怀疑虽然最终并未得到证实，但却导致了甄嬛和温实初在宫廷中遭受了不小的困扰和冤屈。